首先，我承认我使用的Cygwin版本很老，1.5.24（使用uname -r显示）。如果你在Cygwin下使用git没有遇到我的问题，那很好，恭喜你。

由于Cygwin的版本很老，它自带的git版本就更不用说了，所以我都是自己编译的。随便用用没什么，后来用了自己搭建的gitorious，发现push上去后在别处clone，执行文件的执行属性都不见了。研究发现，原来是在.git/config文件中core.filemode设置为false，意味着权限都被忽略了。

简单但略微繁琐的解决方法是（无论使用git init还是git clone）每次创建新的git repository，都不要忘记执行

$ git config core.filemode true

或者修改git根目录下的Makefile，然后重新编译。修改很简单（此处以git 1.7.2.1为例），即注释掉Makefile:889行，

# NO_TRUSTABLE_FILEMODE = UnfortunatelyYes